Знаки препинания в: 5, 1, 2, 3 · ЕГЭ №20

[Видно было], (что весь кустик был переехан колесом) и (что он уже после поднялся и потому стоял боком, но всё-таки стоял).
Запятая на месте цифры 1 ставится по правилу: «Если придаточная часть стоит после главной части, то отделяется от неё запятой». На начало придаточной части указывает подчинительный союз что.
Запятые на месте цифр 2 и 3 не ставятся по правилу: «В сложноподчинённом предложении с однородным соподчинением придаточных частей знаки препинания ставятся по правилу об однородных членах: между однородными придаточными, соединёнными одиночным соединительным союзом и, запятые не ставятся».
Запятая на месте цифры 4 не ставится по правилу: «Между однородными членами предложения, связанными одиночным соединительным союзом и, запятая не ставится» (он поднялся и потому стоял боком).
Запятая на месте цифры 5 ставится по правилу: «Перед одиночным противительным союзом но ставится запятая». Союз обеспечивает связь между однородными членами предложения.